La Hermandad de la Santísima Virgen del Mar de Barcelona se fundó en 1964 a instancia de Casa de Almería en Barcelona que presidía entonces Don Juan Gavilán Caparrós. Los Estatutos fueron vistos y aprobados por decreto de fecha de 25 de febrero de dicho año firmado por el Arzobispo-Obispo de Barcelona Dr. Gregorio Modrego y se ubicó la sede de la Pía Unión en la Iglesia Parroquial de San Carlos Borromeo, a cuya jurisdicción pertenece Casa de Almería en Barcelona, entidad donde se efectúa todas las actividades sociales.
Sin embargo, por diversas razones la Hermanad no funcionó hasta muchos años después. En abril de 1994, es decir, treinta años después, el Presidente de Casa de Almería en Barcelona, Don Francisco Gutiérrez Latorre, decidió impulsar un proceso para relanzar la Hermandad y convocó una asamblea extraordinaria con la finalidad de redactar unos nuevos estatutos y proceder a su constitución práctica. Los nuevos Estatutos fueron aprobados en Enero de 1995, meced a un decreto del Cardenal-Arzobispo de Barcelona, Doctor Ricard M. Carles.
En la asamblea constitutiva se eligió la primera Junta Directiva cuyo Hermano Mayor fue Don Juan José Sánchez Lidueña, y en cumplimiento de unos de los artículos de los Estatutos, como Vicepresidente primero fue elegido Don Francisco Gutiérrez Latorre por su cualidad de ostentar la presidencia de Casa de Almería en Barcelona.
La presentación institucional de la Hermandad tuvo lugar el domingo 27 de octubre de 1996 en la Basílica de Santa María del Mar con una misa solemne concelebrada por el Obispo Auxiliar de Barcelona Doctor Tresserras, el Rvdo. Padre Esteban Arrase, Párroco de San Carlos Borromeo y el Rvdo. Padre Jacinto Fernández Cueto, estrecho colaborador de Casa de Almería en Barcelona. Durante el Santo Oficio fue bendecida la imagen de la Virgen del Mar que tiene la Hermandad actuando de padrinos el entonces Alcalde de Almería, Don Juan Megino y su esposa.
La imagen de San Indalecio que tiene la Hermandad fue bendecida, en el transcurso de una misa concelebrada que tuvo lugar el 17 de octubre de 2004 en la Iglesia Parroquial del Espíritu Santo, de Barcelona, siendo apadrinada por la entonces Alcaldesa de Adra, Doña Mª del Carmen Crespo Díaz, y Don Francisco Gutiérrez Latorre, Presidente de Casa de Almería en Barcelona, que donó la imagen.
En 1996, se convocó una asamblea general extraordinaria en la que se aprobó por unanimidad la nueva nominación de Hermandad de la Virgen del Mar y de San Indalecio devenido del hecho de participar desde 1993 en la Romería Comarcal de la Hermandad del Voto de San Indalecio en San Juan de la Peña, y en cuya Catedral de Jaca, se veneran los restos mortales del primer Obispo de Almería.
A don Juan José Sánchez Lidueña le sucedió en la presidencia, en 1999, don Francisco López Gálvez y a éste en 2011 don Juan Serantes Martínez, que falleció en noviembre de 2015. Desde esta última fecha don Francisco Gutiérrez Latorre es presidente en funciones de la Hermandad, y ha cesado el 18 de septiembre de 2016 como Presidente de Casa de Almería en Barcelona tras 28 años de gestión. El Sr. Gutiérrez Latorre ha iniciado ahora un proceso de reorganización de la Hermandad al objeto de potenciarla en sus orígenes y al mismo tiempo actualizarla a los tiempos de la sociedad de la información.